Die Unterrichtsorganisation und die konkrete Unterrichtsplanung an Marchtaler-Plan-Schulen ist an die folgenden vier Strukturelemente geknüpft:
Der Marchtaler Plan weist für jedes Schuljahr ein Leitmotiv aus, das unter Berücksichtigung entwicklungspsychologischer Gegebenheiten Hinweise für die Jahresarbeit gibt. Die vernetzten Unterrichtseinheiten bestehen aus dem pädagogischen Fundament und den Inhalten.
Das pädagogische Fundament hat zwei Teile: einen fachlichen und einen theologisch-anthropologischen. Dieser umfasst dabei die theologische, ethische, soziale und personale Dimension. Das pädagogische Fundament erschließt zum einen das zu behandelnde Thema in seinen fachlichen Aspekten. Zum anderen verweist es auf Einstellungen, Haltungen und Werte, die als Orientierung für den jungen Menschen und zum Aufbau seiner Persönlichkeit unerlässlich sind. Die Gehalte der anthropologischen Fundamente sind in einem inneren Zusammenhang zu sehen. Sie bilden die Grundlage für den gesamten Unterricht an einer katholischen Schule. Sie müssen vom Lehrer, getragen von seinem persönlichen Vorbild und Zeugnis, entschieden angestrebt werden.